X-ray Structures - HIV

 Substrate Complexes of HIV-1 Protease

 

 Inactive Protease  Variant  

   Substrate 

   Resolution (Å)

   R-factor (%) 

   Rfree 

   PDB code 

 Wild-type (HIV-1 B)

 MA-CA 

 2.90 

 19.7

 24.8

 1KJ4

 "

 CA-p2

 2.00

 19.7

 23.3

 1F7A

 "

 p2-NC

 2.00

 20.6

 24.9

 1KJ7

 "

 NC-p1

 2.10

 20.6

 23.3

 1TSU

 "

 p1-p6

 2.00

 20.3

 25.1

 1KJF

 "

 RT-RH

 2.00

 18.4

 22.6

 1KJG

 "

 RH-IN

 2.00

 18.8

 22.7

 1KJH

 "

 NC-p1_C

 1.85

 19.5

 24.3

 -

 "

 TF-PR

 2.30

 17.0

 22.5

 -

V82A

MA-CA

1.90

20.1

22.7

1MT7

"

CA-p2

2.15

20.8

24.3

1MT8

"

p1-p6

2.00

17.9

21.0

1MT9

"

NC-p1AP2V

2.00

19.5

23.1

1TSQ

"

TF(NC*)-p6pol

1.43

18.6

22.7

-

T80V

p1-p6

2.20

19.6

24.7

-

V82T/I84V/L63P

CA-p2

1.80

19.6

24.3

-

Wild-type (flap intermediate)

NC-p1

1.85

19.4

24.3

2FNS

V82A (flap intermediate)

NC-p1AP2V

1.44

18.7

21.4

2FNT

Wild-type

p6pol-PR

2.30

19.4

23.7

-

"

RT-RHEP3D/VP2'L

2.00

19.5

25.7

2NXD

"

RT-RHTP2V

2.00

16.0

21.6

2NXL

"

RT-RHEP3Q

2.25

18.7

24.3

2NXM

CRF01_AE wild-type

p1-p6

2.80

20.3

25.8

3D3T

HIV-1 B wild-type

p1-p6L449F

1.85

16.3

21.3

-

"

p1-p6S451N

1.75

14.1

17.5

-

"

p1-p6L449F/S451N 

1.65 

 17.3 

 20.5 

-

D30N/N88D

p1-p6

1.78

20.0

25.5

-

"

p1-p6S451N

1.75

18.0

22.9

-

"

p1-p6L449F/S451N

1.90

20.0

24.4

-

C67L/C95M (Wild-type tethered dimer)

RT-RH

1.90

21.3

25.2

-

"

p2-NC

1.66

23.1

26.2

-

"

CA-p2

1.90

24.1

27.3

-

D30F/A28S/G48R (Tethered dimer)

RT-RH

1.90

20.3

26.0

-

"

p2-NC

1.70

20.3

24.7

-

Active Protease Variant

Substrate

Resolution (Å)

R-factor (%)

Rfree

PDB code

Q7K/L33I/L63P

RH-INRKIL

1.70

16.9

19.3

-

"

MA-CASQNY

2.20

16.5

20.7

-

"

CA-p2RVL*LVAA

1.90

16.7

22.3

-

"

p1-p6GNF*LQ

1.85

16.7

19.6

-

"

RT-RHAETF*YVD

2.00

18.4

20.5

-

 

 

 Inhibitor Complexes of HIV-1 Protease

 

   Protease Variant  

   Inhibitor  

   Resolution (Å)   

   R-factor (%)   

   Rfree  

   PDB code   

Wild-type 

APV 

1.75 

19.0 

22.6 

3EKV 

 "

 ATV

1.70

 17.3

 20.5

3EKY

"

DRV

1.20

13.9

17.9

1T3R

"

IDV

2.00

18.5

21.8

-

"

LPV

1.95

19.2

23.6

2Q5K

"

NFV

1.97

18.4

23.0

3EKX

"

Roche

1.60

16.3

19.8

2F3K

L63P/V82T/I84V

APV

2.20

20.3

24.4

1T7J

"

ATV

1.60

19.2

21.7

3EL9

DRV 

 1.35 

16.3 

20.0 

1T7I 

"

 IDV

2.20

 19.4

 23.1

 1K6C

"

 NFV

1.60

 19.8

 22.5

 3EL5

"

SQV

2.00

19.0

22.3

3EL4

L10I/G48V/I54V/L63P/V82A

APV

2.15

19.6

25.5

3EKP

"

ATV

1.60

18.7

22.2

3EKW

"

DRV

1.97

20.9

25.6

3EKT

"

NFV

1.60

18.2

21.2

3EL0

"

SQV

2.20

19.5

24.6

3EKQ

I50L/A71V

APV

2.20

18.5

24.7

3EM3

"

ATV

2.10

18.0

24.8

3EM4

"

DRV

2.10

18.6

24.0

3EM6

T80N

SQV

1.50

17.1

19.7

2FGV

T80S

SQV

2.00

17.6

23.2

2FGU

CRF01_AE (Q7K)

DRV

1.96

20.0

25.9

3LZS

CRF01_AE (Q7K/N88S)

DRV

1.76

19.6

23.9

3LZU

 Wild-type

CARB2-KB45 

 1.80

16.5 

20.8 

2PSV

MIT1-AC87 

 1.85

16.6

 20.5

 2QHZ

"

MIT1-KK81 

 2.00

15.6 

 20.5

 2QI1

 "

MIT1-KK80 

 2.10

 17.0

 23.0

 2QI0

 "

MIT1-AC86 

 1.85

 15.9

 19.7

 2QHY

 "

CARB2-AD37 

 1.95

 16.1

 19.8

 2PSU

 "

MIT2-AD94 

 1.95

 17.4

 21.0

 2QI3

 "

MIT2-AD86

 1.85

 17.4

 20.3

 2QI7

 "

MIT2-AD93

 1.80

 17.3

 20.3

 2QI4

 "

MIT2-KB98

 1.85

 17.0

 21.2

 2QI6

 "

UMass1-KB60

 1.85

 16.9

 22.1

 3GI4

 "

MIT2-KC08

 1.85

 17.3

 21.0

 2QI5

 "

UMass1-KB62

 1.80

 17.0

 19.4

 3GI5

 "

 UMass1-AD78

 1.85

 16.4

 19.6

 3GI6

 "

UMass1-KB19 

 1.80

 16.0

 18.5

 2I0A

 "

UMass1-AD81 

 1.95

 16.6

 21.6

 2I0D

 "

 UMass2I-KK44

 1.90

 17.5

 23.5

 2Q55

 "

UMass2I-KB73 

 1.85

 17.4

 22.4

 2Q54

 " 

 KC47

 1.90

17.2 

 21.6

 -

 "

KC53 

 1.95

 16.5

 20.1

 3MXD

 "

KC32 

 1.85

 18.0

 22.3

 3MXE

 "

KD14 

 1.90

 17.9

 21.6

 3O9A

 "

KD20 

 1.85

 17.5

 22.4

 3O9C

 "

 KD26

 1.70

 16.6

 22.8

 3O9H

 "

 KD13

 1.95

 17.7

 22.4

 3O99

 "

 AF60

 1.50

 16.7

 19.7

 3O9E

 "

 AF61

 1.45

 17.2

 19.5

 3O9I

 "

AF57 

 1.75

 17.3

 20.3

 -

 "

AF53 

 1.65

 17.6

 20.3

 3O9G

 "

KD25 

 1.50

 16.5

 18.9

 3O9B

 "

KD27 

 1.70

 16.9

 20.3

 3O9F

 "

 KD19

 1.85

 17.4

 22.6

 3O9D

 "

 AF71

 1.75

 17.0

 19.4

 3SA6

 "

AF72 

 1.80

 17.6

 21.3

 3SA4

 "

AF55 

 1.80

 17.6

 21.3

 3SA7

 "

AG23 

 1.65

 17.2

 20.3

 3SA3

 "

AF80 

 1.50

 18.1

 20.4

 3SAC

 "

 KB83

 1.50

 16.4

 19.3

 3SA8

 "

AF69 

 1.65

 17.5

 20.3

 3SA5

 "

AF68 

 1.70

 17.4

 21.4

 3SA9

 "

AF77 

 1.95

 17.3

 22.8

 3SAA

 "

 AF78

 1.50

 19.4

 22.2

 3SAB

 "

MKP73 

 1.40

 17.3

 18.9

 "

MKP86 

 1.40

 17.9

 20.4

 "

 MKP97

 1.55

 17.0

 19.6

 -

 "

 MKP56

 1.78

 16.0

 21.7

 -

 "

TMC114-A1 

 2.00

 15.5

 20.3

 -

 "

TMC114-A2 

 1.83

 18.1

 22.8

 -

 "

TMC114-A3 

 2.00

 18.2

 23.8

 -

 "

t745182 

 1.90

 17.9

 22.7

 3R4B

 "

t746406 

 1.90

 17.8

 21.8

 -

 "

 t746826

 1.95

 16.9

 21.0

 -

 p867883

 2.00

 18.7

 23.2

 2Q3K

 "

 p386395 (ATV)

 1.80

 17.6

 20.9

 -

t546744 

 2.05

 18.3

 22.9

 -